Класс контроллера view начинает свое выполнение еще до того как loader? выполнит всю необходимую загрузку(в частности css). В том числе это касается положения и размеров объектов на форме.
Т.е. методы типа getLayout могут вернуть нули, а через 100-200мс совсем другие значения.
Пока не нашел ничего лучше, чем использовать таймер, который проверяет на не 0 значение в данном методе.
Решение достаточно простое - Platform.runLater...